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R語言繪圖包07--多集合可視化UpSetR

R語言繪圖包系列：一般在對數據取交集的時候，通常使用 韋恩圖 。但韋恩圖的可視范圍有限，對于超過五個以上的數據集取交集會顯得很凌亂。這時候就可以使用UpSetR包。

R-數據可視化系列-地圖+氣泡圖

地圖所需數據：全國地圖GIS文件 氣泡圖所需數據：城市名稱，經度，維度，具體數值，如圖 將圖分解開來，發現是地圖+氣泡圖，我們需要畫出地圖。

可視化氣泡圖的氣泡面積表示的是數據集中每個變量的重要性。氣泡的大小代表了每個變量的影響力，即每個變量的重要性，氣泡的位置代表了變量之間的相關性。

相似圖表：1）氣泡地圖。用氣泡大小展現數據量大小。2）點狀地圖。用描點展現數據在區域的分布情況。3）軌跡地圖。展現運動軌跡。以特殊高亮的形式顯示訪客熱衷的頁面區域和訪客所在的地理區域的圖示。

r語言可視化用自己的數據還是自帶的

1、學習用編程建立數據可視化不代表要摒棄你已經熟悉的工具。我一般使用任何能夠比較快速解決問題的工具，這個工具可以是Excel，GoogleSheets，或者是Python。

2、當然在R里做就叫“R語言數據可視化”。它能給你遠超Excel圖表的可視化能力。

3、如果物種不是人的，那么需要自己準備染色體核型文件和染色體基因密度文件。

4、KEGG 視圖中，一個基因節點可能代表具有相似或者冗余功能的基因/蛋白質，我們可以將這種包含多個基因的節點拆分成獨立的節點，這樣可以更好的從基因層面而不是節點層面來查看數據。

5、比較簡單的方法就是每次引用時把寫好的函數復制一下，到R console 中，然后寫其他的。然后，編好的函數寫成.r 文件，下次直接使用命令 source（function.r）就能導入使用了。

R語言可視化通路富集網絡圖

比較近小Q在做自然選擇分析，分析完之后簡單粗暴的對候選基因做了富集分析，并做了展示，比起氣泡圖，我模仿了另一種作圖方式，顯示效果更佳。所以想在此分享一下如何用R語言畫富集分析示意圖（非氣泡圖）。

首先有一個plot.grid(nx=8， ny=8，lwd=1，lty=2，col=blue)#畫8*8網絡。

有沒有程序包我不知道，但是這個可以用plot描點，lines連線，可以批量的 。

這兩款R包都是基于瀏覽器的JavaScript可視化庫，用于交互式的展示圖形，這里我們還用到剛才的示例數據來展示。

R語言繪圖系列：在不確定將圖例添加在什么位置時，可使用 locator函數 。 locator()函數可以定位圖上的點。運行locator函數之后在圖上隨便點一個點，點擊finish就會返回剛剛那個點的位置坐標。

什么叫R語言數據可視化

簡稱 geoms ，代表你在圖中實際看到的東西：點、線、多邊形等等。 統計轉換，簡稱 stats ，總結數據：例如，裝箱和計數觀察，以創建一個直方圖，或擬合一個線性模型。

生態統計學：R 語言是生態統計學中比較流行的軟件之一，它可以用于統計生態學和生態學建模。通過 R 語言的生態統計學包，可以進行數據清理、生態分析和模型擬合等工作。

數據分析區別于數據挖掘的***點就是數據來源。數據分析的數據可能來源于各種渠道，數據庫、信息采集表、走訪等等各種形式的數據，只要是和分析目標相關，都可以收集。而數據挖掘則偏向于數據庫數據的讀取。